Tools en technieken

Scripts van de tools/technieken die hieronder worden opgelijst zullen we na afloop van het project aanbieden via onze github (zo kunnen ze makkelijk hergebruikt worden in andere toepassingen). Bovendien zijn er ook een aantal papers under submission waarin we de tools/technieken in detail uitleggen. Deze zullen, na publicatie, ook opgenomen worden onder de “Publiek en Pers“-sectie van deze website.

Kwaliteitsmeting en optimalisatie van de digitaliseringsprocedure voor ingebonden historische herbaria

Fragiele, gedeeltelijk ingebonden herbariumvellen worden gedigitaliseerd en samen met hun inventaris opgenomen in het virtueel herbarium van het Agentschap Plantentuin Meise (www.botanicalcollections.be).

RAW-beelden met controlestrip en barcodes worden automatisch omgezet in een ‘compositie’ (TIFF). Deze volgt dezelfde layout en structuur als in de huidige workflow van de Plantentuin Meise. Hiervoor werden scripts ontwikkeld die op basis van de RAW-beelden de pagina, controlestrip en barcodes kunnen detecteren en analyseren. Deze procedure verbetert automatisch de kwaliteit van het beeld indien nodig, en controleert deze op focus, white balance, etc. Via de barcodes wordt de link gelegd met de inventaris, zodat de metadata aan het digitale beeld worden gekoppeld. Het herbariumvel wordt automatisch rechtgetrokken zodat het onder optimale omstandigheden digitaal kan worden aangeboden voor verder onderzoek en consultatie.

In samenwerking met de Universiteitsbibliotheek en VIAA wordt in deze periode ook de duurzame opslag voor het beeldmateriaal geconcretiseerd. Zodra de digitalisering en nabewerking klaar zijn, kan tot duurzame bewaring worden overgegaan. Beelden van het herbarium van Charles Van Hoorebeke en Aimé McLeod zijn nu alvast beschikbaar via www.botanicalcollections.be.

Cross-collection linking en analyse van de vindplaatsen doorheen de tijd

In de voorbije maanden werd gestart met de ontwikkeling van een interactieve toepassing OPEN KAART, met vindplaatsen van planten uit de herbaria en geotagged media (foto’s mbt horticulturele rijkdom).

De kaart is de toegangspoort tot andere collecties. Zo ontstaat cross-collection linking met Botanical collections, wikidata, e-wvd, waarnemingen.be, kunst, … De eerste resultaten, waaronder een link met dialectnamen, zijn positief en worden in de volgende fases verder geëxploreerd. Deze tijdruimtelijke links plaatsen de herbaria en collecties in een breder, landelijk perspectief.

Segmentatie/herkenning van planten

Uit de RAW-beelden kunnen we verschillende niet-overlappende planten segmenteren en metadateren, zodat we bij visualisatie en bevraging meteen op de juiste planten kunnen inzoomen. Voor de automatische classificatie (gepland in Fase 3) is deze segmentatie belangrijk.